首先是初次認證審核，也就是第一年的審核，這時候的審核標準非常嚴格，要求全條款、全部門、全流程進行審核。初次認證審核的流程主要包括：
(1)申請：提交材料、簽訂合同、繳費等;
(2)受理：由認證機構發放受理通知;
(3)第一階段審核(即文件評審)：認證機構提出文審建議，企業進行文件整改;
(4)現場審核：準備文件、場地等，由認證機構現場進行全條款審核;
(5)審核后續活動：不符合項的整改和驗證;
(6)發證。
其次是監督審核，也就是第二年及第三年的審核，監督審核比初次審核標準稍有降低，要求有側重的、抽樣的考察，一次監督審核范圍可以不覆蓋認證范圍內知識產權管理體系的全部活動、過程、部門和區域，但認證證書有效期內的監督審核相加必須覆蓋全部過程、產品、部門和區域。監督審核的目的是驗證獲證組織的知識產權管理體系是否持續滿足審核準則的要求和有關的認證要求，并保持有效運行，以確定是否推薦保持認證注冊;如果獲證組織的知識產權管理體系在運行過程中發生了變更，應審核變更后的管理體系是否符合認證標準的要求，并實施有效。監督審核時一般是進行現場審核，程序和方法與初次審核一致，審查范圍至少應覆蓋：內審和管評，上次不符合采取的措施，投訴的處理，實現目標的有效性，為持續改進而策劃的活動進展，持續的運作控制，任何變更，標志的使用和(或)任何其他對認證資格的引用等。
最后是再認證審核，也就是下一個三年的審核，此時審核的工作量一般是初次審核工作量的2/3至全部，審核流程大致相同。
